Auskreuzung geschieht auch über die Artgrenze hinweg, in der Natur z. B. zwischen Bakterien verschiedener Arten oder bei nahe verwandten Pflanzenarten durch den Pollenflug. Im Zusammenhang mit der Gentechnik spricht man von Auskreuzung, wenn eine mittels Gentechnik eingeführte Eigenschaft - z. B. ein Resistenzgen gegen Insekten - im Feld auf andere Pflanzen übertragen und in deren Genom eingebaut wird.