Les producteurs bio remplacent les engrais chimiques et synthétiques par du lisier, du fumier ou du compost pour conserver la fertilité de leurs sols. Les microorganismes ne sont pas détruits. Les vers de terre, champignons et bactéries améliorent en effet naturellement la qualité de la terre et préservent sa fertilité. L’absence d’engrais chimiques améliore également la qualité de l’eau des rivières, mers et nappes phréatiques. En outre, pour lutter contre les mauvaises herbes, les producteurs bio évitent les produits phytosanitaires et ont recours au binage, au désherbage thermique ou à un traitement du sol adapté. Ils n’utilisent aucun insecticide chimique contre les parasites et les maladies fongiques, mais plutôt des «auxiliaires» qui détruisent les «ravageurs». Le fourrage pour le bétail doit par ailleurs être produit si possible dans leur propre ferme.
Il existe actuellement en Suisse au moins dix labels bio. Tous répondent aux exigences minimales imposées par la Confédération aux exploitations biologiques. Le label «Bio Suisse» (bourgeon vert) est le plus connu. Il réunit plus de 90 pour cent des exploitations biologiques suisses et respecte des directives plus strictes que celles prescrites par la Confédération.