Certains gènes portent une empreinte différente dans les cellules selon qu'ils appartiennent à un organisme féminin ou masculin. Ce type de gènes sont transmis aux descendants avec leur empreinte. L'activité du gène sera différente en fonction de l'origine, maternelle ou paternelle, de son empreinte. A chaque génération, lorsque les spermatozoïdes ou les ovules sont produits, l'ancienne empreinte est «effacée» et les gènes sont à nouveau imprimés en fonction du sexe.